老庄思想与道家神仙术并入了动植物学和医学,同为一个学科系统,道士通常也是兼职医生,例如葛洪,陶弘景都是。以当时三教合流的思想来看,香可以感应神鬼,通达灵界,驱邪除秽,养生益道。陶弘景的《本草经集注》一共收录730种药方,沉香即列为上药,葛洪《胙后备急方》就有香身、香脂、、凃发香泽和熏衣香等疗处方。在《抱朴子》中说常烧五香,香不绝。
是炼丹、斋醮时所用。动乱的六朝时代;人口大量的外移南迁,这时期就有二十几种的《异物志》的方志出版。杨浮的《交州异物志》,万震的《南州异物志》,朱应的《扶南异物志》,都有南洋香属的植物。广州刺使嵇含(嵇康之孙)写下《南方草木状》;这是我国第一部植物分类学和环保生态学的著作。
这时期香材大量被发现也被使用,识香的学识突飞猛进,但是因为多数是舶来品,仅有上层阶级有能力使用。曹操临终前更遗嘱不藏金玉珠宝,余香可分诸夫人,不命祭。而将珍藏的香品分赠妻妾,以代珠宝。关羽被砍头之后是曹操命人制作等身沉香身躯依王侯礼制给予厚葬的。孙权砍了张飞的脑袋也是用沉香木盒装了送回给刘备。
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